企業合并是指被合并企業（指一家或多家不需要經過法律清算程序而解散的企業）將其全部資產和負債轉讓給另一家現存或新設企業（以下簡稱合并企業），為其股東換取合并企業的股權或其他財產，實現兩個或兩個以上企業的依法合并為一個企業的法律行為。合并可以采取吸收合并和新設合并兩種形式。吸收合并是指兩個以上的企業合并時，其中一個企業吸收了其他企業而存續（對此類企業以下簡稱“存續企業”），被吸收的企業解散。吸收合并可以用下列關系式表示：A（不含B）＋B=A（包含B），其中為A企業吸收B企業，B企業解散。新設合并是指兩個以上企業并為一個新企業，合并各方解散。新設合并可以用下列關系式表示：A＋B=C，其中為A企業與B企業合并成立C企業，A、B企業解散。
　　同樣，被合并企業在合并中要將資產轉讓過渡給合并企業，其資產轉讓價與賬面價值之間存在差額，對這部分差額如何征稅，是需要稅法予以界定。國家稅務總局《關于企業合并分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發〔2000〕119號）規定，企業合并，通常情況下，被合并企業應視為按公允價值轉讓、處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅。被合并企業以前年度的虧損，不得結轉到合并企業彌補。合并企業接受被合并企業的有關資產，計稅時可以按經評估確認的價值確定成本。被合并企業的股東取得合并企業的股權視為清算分配。
　　舉例：A公司由于所購置的生產設備落后陳舊等原因，經營效益一直不好，又不愿再投入新的資金，公司股東打算將公司轉讓或讓其他企業兼并。經評估，A公司現有賬面凈資產200萬元，公允價值500萬元。現B公司欲兼并A公司，B公司正在考慮采用兩種方式兼并：支付現金收購合并和支付股權收購兼并。那么，兩種方法有什么區別呢？
　　假如采取支付現金500萬元給A公司股東的方式合并，則A公司股東不在B公司享有任何權益，A公司需要確認資產轉讓所得300萬元（500－200），并要按規定繳納企業所得稅99萬元（300×33%）。
　　如果B公司采取支付自己的股權給A公司股東的方式實現合并的話，則稅收處理就不同了。A公司解散時，可以不必確認資產轉讓所得300萬元，不需要繳納企業所得稅，我們稱之為“免稅合并”。國家稅務總局《關于企業合并分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發〔2000〕119號）規定，合并企業支付給被合并企業或其股東的收購價款中，除合并企業股權以外的現金、有價證券和其他資產（以下簡稱非股權支付額），不高于所支付的股權票面價值（或支付的股本的賬面價值）20%的，經稅務機關審核確認，當事各方可選擇按下列規定進行所得稅處理：
　　（1）被合并企業不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合并企業合并以前的全部企業所得稅納稅事項由合并企業承擔，以前年度的虧損，如果未超過法定彌補期限，可由合并企業繼續按規定用以后年度實現的與被合并企業資產相關的所得彌補。具體按下列公式計算：某一納稅年度可彌補被合并企業虧損的所得額＝合并企業某一納稅年度未彌補虧損前的所得額×（被合并企業凈資產公允價值÷合并后合并企業全部凈資產公允價值）。
　　（2）被合并企業的股東以其持有的原被合并企業的股權（以下簡稱舊股）交換合并企業的股權（以下簡稱新股），不視為出售舊股購買新股處理。被合并企業的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎確定。但未交換新股的被合并企業的股東取得的全部非股權支付額，應視為其持有的舊股的轉讓收入，按規定計算確認財產轉讓所得或損失，依法繳納所得稅。
　　（3）合并企業接受被合并企業全部資產的計稅成本，須以被合并企業原賬面凈值為基礎確定。
　　分析上述規定可以發現，此中的“免稅合并”實際上是暫時不納稅，并不是真正意義上的免稅。因為“被合并企業的股東換得新股的成本，須以其所持舊股的成本為基礎確定”。同時，“合并企業接受被合并企業全部資產的計稅成本，須以被合并企業原賬面凈值為基礎確定”，即B公司接受A公司的資產必須以賬面凈值200萬元作為計稅基礎，結轉成本或折舊攤銷。
　　需要注意的是，“免稅合并”中設定了一個非股權支付額不能超過股權面值20%的比例，如果存在20%以下的非股權支付額的話，“未交換新股的被合并企業的股東取得的全部非股權支付額，應視為其持有的舊股的轉讓收入，按規定計算確認財產轉讓所得或損失，依法繳納所得稅”。
　　假如，被合并公司A公司法人股東原持有A公司投資成本為45萬元。在合并中，換取取得合并公司B公司的股權支付60萬元（面值），并另外取得現金10萬元。
　　分析：股東取得的全部交換價值為70萬元（600000＋100000），所放棄的舊股計稅成本為45萬元，蘊含的增值為25萬元（70－45），非股權支付額10萬元，占所支付的股權價值60萬元的16.67%，不足20%，符合“免稅合并”條件。那么，與取得現金10萬元補償相對應的應確認的所得為：25÷70×10＝3.57（萬元）。因此，原A公司股東取得B公司的60萬元價值股權的計稅成本為：45－10＋3.57＝38.57（萬元）。假設股東隨即以60萬元轉讓這部分股權的話，將實現轉讓所得21.43萬元（60－38.57），加上非股權支付額10萬元確認的3.57萬元所得，正好等于A公司原股權增值25萬元。