近日，國家稅務總局制定了《增值稅一般納稅人納稅輔導期管理辦法》（國稅發〔2010〕40號） ，本辦法自2010年3月20日起執行。《國家稅務總局關于加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的緊急通知》（國稅發明電〔2004〕37號）、《國家稅務總局關于輔導期一般納稅人實施“先比對、后扣稅”有關管理問題的通知》（國稅發明電〔2004〕51號）、《國家稅務總局關于加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的補充通知》（國稅發明電〔2004〕62號）、《國家稅務總局關于輔導期增值稅一般納稅人增值稅專用發票預繳增值稅有關問題的通知》（國稅函〔2005〕1097號）同時廢止，新舊政策對比有幾個方面的變化。
一般納稅人實行納稅輔導期縮短
國稅發〔2010〕40號文件規定，一般納稅人納稅輔導期一般應不少于6個月，對進入納稅輔導期管理的新辦小型商貿企業不再實行原臨時一般納稅人管理，這里的6個月是下限。文件還規定，新認定為一般納稅人的小型商貿批發企業實行納稅輔導期管理的期限為3個月，其他一般納稅人實行納稅輔導期管理的期限為6個月。實行新辦法后，6個月成為納稅輔導期的上限，可見納稅輔導期縮短了。
需要注意的是，文件規定，納稅輔導期內，主管稅務機關未發現納稅人存在偷稅、逃避追繳欠稅、騙取出口退稅、抗稅或其他需要立案查處的稅收違法行為的，從期滿的次月起不再實行納稅輔導期管理，主管稅務機關應制作、送達《稅務事項通知書》，告知納稅人。主管稅務機關發現輔導期納稅人存在偷稅、逃避追繳欠稅、騙取出口退稅、抗稅或其他需要立案查處的稅收違法行為的，從期滿的次月起按照本規定重新實行納稅輔導期管理，主管稅務機關應制作、送達《稅務事項通知書》，告知納稅人。
納稅輔導期最高開票限額提高
國稅函〔2005〕1097號文件規定，輔導期一般納稅人的增值稅防偽稅控開票系統最高開票限額原則上不得超過1萬元，如果開票限額確實不能滿足實際經營需要的，主管稅務機關可根據納稅人實際經營需要，經審核，按照現行規定審批其增值稅防偽稅控開票系統最高開票限額和數量。國稅發〔2010〕40號文件則規定，實行納稅輔導期管理的小型商貿批發企業，領購專用發票的最高開票限額不得超過10萬元，其他一般納稅人專用發票最高開票限額應根據企業實際經營情況重新核定。
需要注意的是，新舊政策均要求對專用發票的領購實行按次限量控制，主管稅務機關可根據企業的實際年銷售額和經營情況確定每次的專用發票供應數量，但每次發售專用發票數量不得超過25份。同時，輔導期納稅人領購的專用發票未使用完而再次領購的，主管稅務機關發售專用發票的份數不得超過核定的每次領購專用發票份數與未使用完的專用發票份數的差額。
增購發票預繳稅款征收率降低
國稅函〔2005〕1097號文件規定，企業按次領購數量不能滿足當月經營需要的，可以再次領購，但每次增購前必須依據上一次已領購并開具的專用發票銷售額的4%向主管稅務機關預繳增值稅。由于新增值稅條例將小規模納稅人征收率統一降至3%，所以國稅發〔2010〕40號文件規定，輔導期納稅人1個月內多次領購專用發票的，應從當月第二次領購專用發票起，按照上一次已領購并開具的專用發票銷售額的3%預繳增值稅。雖然新舊政策均明確“未預繳增值稅的，主管稅務機關不得向其發售專用發票。”但在政策表述方面，國稅發〔2010〕40號文件比國稅函〔2005〕1097號文件更加簡潔明了，而且，國稅發〔2010〕40號文件對預繳增值稅銷售額的確認依據重新進行了明確，即預繳增值稅時，納稅人應提供已領購并開具的專用發票記賬聯，主管稅務機關根據其提供的專用發票記賬聯計算應預繳的增值稅。不再要求納稅人提供專用發票清單與專用發票記賬聯復印件。
預繳增值稅余額的處理有新規
國稅發〔2010〕40號文件首次對納稅輔導期結束后預繳增值稅余額的處理進行了明確，即納稅輔導期結束后，納稅人因增購專用發票發生的預繳增值稅有余額的，主管稅務機關應在納稅輔導期結束后的第1個月內，一次性退還納稅人。
同時，國稅發〔2010〕40號文件對輔導期納稅人實施“先比對、后扣稅”管理的具體操作辦法，并明確規定，扣稅憑證必須在比對相符后才能夠抵扣。即主管稅務機關定期接收交叉稽核比對結果，通過《稽核結果導出工具》導出發票明細數據及《稽核結果通知書》并告知輔導期納稅人。輔導期納稅人根據交叉稽核比對結果相符的增值稅抵扣憑證本期數據，申報抵扣進項稅額，未收到交叉稽核比對結果的增值稅抵扣憑證，留待下期抵扣。
